**Music Music**

Tuesday, June 9, 2015

Tugas Pemrograman Jaringan – Contoh Program dengan JAVA

Kali ini saya akan memberikan beberapa contoh program untuk mengecek ip, nama komputer, mengganti nama komputer dengan ip, menampilkan host name dan ip address, membuat program client-server TCP sederhana menggunakan bahasa pemrogramanja java.

Dibawah ini contoh program untuk mendapatkan IP yang sedang digunakan :

Screenshot_507

Screenshot_505

Pertama program akan menggunangakn fungsi import java.net. kemudian kita membuat class bernama GetIP. Setelah membuat class kita mendeklarasikan variable InetAddress host bernilai null, kemudian variable host mendapatkan nilai dari variabel InetAddress dan pada byte ip didapatkan nilai dari host. Selanjutnya terdapat perintah perulangan for dimana bahian ini akan terjadi pada saat variabel i bernilai 0, dan nilai variabel i lebih kecil dari IP jika kondisi ini terpenuhi maka nilai i akan bertambah.

DIbawah ini contoh program untuk mendapatkan nama komputer yang sedang dipakai :

Screenshot_508

Screenshot_506

Pertama program akan menggunangakn fungsi import java.net. kemudian kita membuat class bernama getName. Setelah membuat class kita mendeklarasikan variable InetAddress host bernilai null, kemudian variable host mendapatkan nilai dari variabel InetAddress. host.getHostName()) ini maksudnya host yang di tampilkan di dapet dari nama host komputer yang di pakai.

Berikut adalah contoh program untuk mengganti nama komputer dengan IP yang sedang digunakan :

Screenshot_509

outputiptoname

Pertama program akan mengimport java.net dean masuk pada nama class yang dibuat yaitu IPtoName. Untuk program ini terdapat kondisi if dimana jika program nilainya lebih besar sama dengan 0 maka cetak nama pemakai dan IPtoName lalu program akan kembali ke semula dan program akan mendeklarasikan String host yaitu 0 dan InetAddress address bernilai null.Kemudian program akan mengulang ke bagianaddress yang terdapat di InetAddress pada host kemudian apabila perulangan tersebut tidak terpenuhi maka akan mencetak invalid IP - malformed ip.
Untuk hasil output ini pada saat menjalankan program masukkan terlebih dulu IPAddress kemudian host nama dari komputer. Jika sudah maka jalankan kembali program java tersebut maka host name tersebut akan terganti dengan IP. Dan akan mencetak IP komputer yang lain yaitu 10.189.46.244 dengan host name 10.189.46.244

Berikut ini adal program untuk menampilkan host name dan ip address pada komputer yang digunakan:

Screenshot_510

outputnslookup

Pertama program akan mengimport java.net kemudian program akan masuk ke dalam class program yang bernamaNsLookip. Pada program utama ini akan mencetak Pemakai : Java NsLookup hostname kemudian akan mendeklarasikan String host adalah 0 dan InetAddress address bernilai null kemudian apabila host tidak dikenal maka akan tampil Uknown host. Untuk bagian listing byte ip nilainya didapat dari address lalu apabila i > 0 dan i.

Aplikasi Client-Server TCP sederhana

simpleServer.java
import java.io.*;
import java.net.*;
public class simpleServer {
public final static int TESTPORT = 5000;
public static void main(String args[]) {
ServerSocket checkServer = null;
String line;
BufferedReader is = null;
DataOutputStream os = null;
Socket clientSocket = null;
try {
checkServer = new ServerSocket(TESTPORT);
System.out.println(“Aplikasi Server hidup …”);
} catch (IOException e) {
System.out.println(e);
}
try {
clientSocket = checkServer.accept();
is = new BufferedReader(new
InputStreamReader(clientSocket.getInputStream()));
os = new DataOutputStream(clientSocket.getOutputStream());
} catch (Exception ei) {
ei.printStackTrace();
}
try {
line = is.readLine();
System.out.println(“Terima : ” + line);
if (line.compareTo(“salam”) == 0) {
os.writeBytes(“salam juga”);
} else {
os.writeBytes(“Maaf, saya tidak mengerti”);
}
} catch (IOException e) {
System.out.println(e);
}
try {
os.close();
is.close();
clientSocket.close();
} catch (IOException ic) {
ic.printStackTrace();
}
}
}
simpleClient.java
import java.io.*;
import java.net.*;
public class simpleClient {
public final static int REMOTE_PORT = 5000;
public static void main(String args[]) throws Exception {
Socket cl = null;
BufferedReader is = null;
DataOutputStream os = null;
BufferedReader stdin = new BufferedReader(new
InputStreamReader(System.in));
String userInput = null;
String output = null;
// Membuka koneksi ke server pada port REMOTE_PORT
try {
cl = new Socket(args[0], REMOTE_PORT);
is = new BufferedReader(new
InputStreamReader(cl.getInputStream()));
os = new DataOutputStream(cl.getOutputStream());
} catch(UnknownHostException e1) {
System.out.println(“Unknown Host: ” + e1);
} catch (IOException e2) {
System.out.println(“Erorr io: ” + e2);
}
// Menulis ke server
try {
System.out.print(“Masukkan kata kunci: “);
userInput = stdin.readLine();
os.writeBytes(userInput + “\n”);
} catch (IOException ex) {
System.out.println(“Error writing to server…” + ex);
}
// Menerima tanggapan dari server
try {
output = is.readLine();
System.out.println(“Dari server: ” + output);
} catch (IOException e) {
e.printStackTrace();
}
// close input stream, output stream dan koneksi
try {
is.close();
os.close();
cl.close();
} catch (IOException x) {
System.out.println(“Error writing….” + x);
}
}
}



  1. Compile kedua program diatas pada cmd(Javac simpleServer.java dan javac simpleServer.java). Jika memakai 1 pc buka 2 cmd, jika tidak bisa membuka 2 cmd sekaligus buka cmd yang lainnya dengan run as administrator.
  2. Jalankan server terlebih dahulu, kemudian buka cmd baru untuk menjalankan client. Pada server java simpleServer sedangkan client java simpleClient (nama pc server).
  3. Pada client masukkan kata kunci "salam" dan coba ketikkan kata apa saja dan juga perhatikan pada server apakah kata tersebut masuk atau tidak.

Berikut output jika kata kunci yang dimasukkan benar :

Screenshot_513

Berikut output jika kata kunci yang dimasukkan salah :

Screenshot_512

Big Family Hypnotist & Hypnotherapy


Sunday, March 29, 2015

Komputasi Modern serta Implementasinya


TUGAS SEMESTER 8 : SOFTSKILL TUGAS 1


Komputasi sebetulnya bisa diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Hal ini ialah apa yang disebut dengan teori komputasi, suatu sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika. Selama ribuan tahun, perhitungan dan komputasi umumnya dilakukan dengan menggunakan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau dikerjakan secara mental, kadang-kadang dengan bantuan suatu tabel. Namun sekarang, kebanyakan komputasi telah dilakukan dengan menggunakan komputer.


Secara umum iIlmu komputasi adalah bidang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika danteknik penyelesaian numerik serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah-masalah ilmu(sains). Dalam penggunaan praktis, biasanya berupa penerapan simulasi komputer atau berbagai bentuk komputasi lainnya untuk menyelesaikan masalah-masalah dalam berbagai bidang keilmuan, tetapi dalam perkembangannya digunakan juga untuk menemukan prinsip-prinsip baru yang mendasar dalam ilmu.


Bidang ini berbeda dengan ilmu komputer (computer science), yang mengkaji komputasi, komputer dan pemrosesan informasi. Bidang ini juga berbeda dengan teori dan percobaan sebagai bentuk tradisional dari ilmu dan kerja keilmuan. Dalam ilmu alam, pendekatan ilmu komputasi dapat memberikan berbagai pemahaman baru, melalui penerapan model-model matematika dalam program komputer berdasarkan landasan teori yang telah berkembang, untuk menyelesaikan masalah-masalah nyata dalam ilmu tersebut.

Komputasi modern bisa disebut sebuah konsep sistem yang menerima intruksi-intruksi dan menyimpannya dalam sebuah memory, memory disini bisa juga dari memory komputer. Oleh karena pada saat ini kita melakukan komputasi menggunakan komputer maka bisa dibilang komputer merupakan sebuah komputasi modern. Dalam kerjanya komputasi modern menghitung dan mencari solusi dari masalah yang ada, dan perhitungan yang dilakukan itu meliputi:

  • Akurasi (big, Floating point)
  • Kecepatan (dalam satuan Hz)
  • ProblemVolume Besar (Down Sizzing atau pararel)
  • Modelling (NN & GA)
  • Kompleksitas (Menggunakan Teori big O)
 Berikut ini adalah beberapa implementasi komputasi modern dalam bidang sains

Pada Bidang Fisika
Fisika memiliki suatu cabang keilmuan yang memanfaatkan suatu tools yang dapat dimanfaatkan untuk membuat perhitungan menjadi lebih mudah dan cepat yang disebut Fisika Komputasi.
Kini komputer bukan hanya digunakan untuk mengolah data praktikum atau membuat dokumen ilmiah, namun dapat digunakan untu kmenghitung suatu perhitungan yang rumit.

Contohnya, menyelesaikan permasalahan medan magnet dengan menggunakan komputasi fisika, dalam hal ini menentukan besarnya medan magnet dan membandiangkan hubungan antara medan magnet dengan panjang kawat.

Pada Bidang Matematika
Matematika Komputasi adalah ilmu yang mengintergrasikan matematika terapan dan ilmu komputer. Banyak masalah industri, juga masalah dalam bidang teknik, kesehatan, sains, bisnis dan ekonomi dapat dimodelkan secara matematika dan disimulasikan dengan bantuan komputer dengan tujuan untuk mendapatkan solusi dari masalah tersebut.

Contohnya, penerapan teknik-teknik komputasi matematika meliputi metode numerik, scientific computing, metode elemen hingga, metode beda hingga, scientific data mining, scientific process control dan metode terkait lainnya untuk menyelesaikan masalah-masalah real yang berskala besar.

Pada bidang kimia
Kimia Komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan kedalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul) dan menerapkan program tersebut kedalam sistem nyata.

Contohnya, algoritma dan program komputer dapat digunakan untuk memungkinkan peramalan sifat-sifat atom dan molekul. Kajian komputasi juga dapat dilakukan untuk menjelajahi mekanisme reaksi dan menjelaskan pengamatan pada reaksi di laboratorium, serta memahami sifat dan perubahan pada sistem makroskopis melalui simulasi yang berlandaskan hukum-hukum interaksi yang ada dalam sistem.

Pada bidang  Geologi  
Pada bidang geologi teori komputasi biasanya digunakan untuk pertambangan, sebuah sistem komputer digunakan untuk menganalisa bahan-bahan mineral dan barang tambang yang terdapat di dalam tanah.

Contohnya, Pertambangan dan digunakan untuk menganalisa bahan-bahan mineral dan barang tambang yang terdapat di dalam tanah.

Pada bidang  Ekonomi  
Terdapat Computational Economics yang mempelajari titik pertemuan antara ilmu ekonomi dan ilmu komputer mencakup komputasi keuangan, statistika, pemrograman yang di desain khusus untuk komputasi ekonomi dan pengembangan alat bantu untuk pendidikan ekonomi.

Contohnya, mempelajari titik pertemuan antara ekonomi dan komputasi, meliputi agent-based computational modelling, computational econometrics dan statistika, komputasi keuangan, computational modelling of dynamic macroeconomic systems dan pengembangan alat bantu dalam pendidikan komputasi ekonomi.

Pada bidang  Sosiologi 
Terdapat Computational Sosiology yaitu penggunaan metode komputasi dalam menganalisa fenomena sosial.

Pada bidang  Biologi 
Terdapat Bioinformatics merupakan aplikasi dari teknologi informasi dan   ilmu komputer dalam penelitian bidang biologi molekuler.

Contohnya, Tes DNA atau RNA serta Pembacaan Sidik Jari dan Pembacaan retina / iris.

MANFAAT KOMPUTASI MODERN
Komputasi modern ini melakukan perhitungan dengan menggunakan komputer yang canggih dimana pada computer tersebut tersimpan sejumlah algoritma untuk menyelesaikan masalah perhitungan secara efektif dan efisien.
Dari sana dapat terlihat bahwa komputasi modern dapat dimanfaatkan untuk memecahkan masalah-masalah seperti dibawah ini:

  • menghitung akurasi (bit, floating point)
  • menghitung kecepatan (dalam satuanHz)
  • menghitung problem volume besar (paralel)
  • modeling (NN dan GA)
  • kompleksitas (menggunakan Teori Big O)

Manfaat lainnya dari komputasi modern yang sering kita dengar sekarang ini adalah tentang pembacaan sidik jari dan scan retina mata. itu dinamakan dengan teknik biometric.

Big Family Hypnotist & Hypnotherapy


Sumber :
1. Pengertian Komputasi
2. Komputasi Modern
3. Penerapan Komputasi Modern dalam Ilmu sains
4. Manfaat Komputasi Modern

Friday, December 26, 2014

JARKOMLAN – VLSM (VARIABLE LENGTH SUBNETMASK)

diketahui :
*Sebuah Gedung 5 lantai
*IP Lokal 200.0.1.0/24
*IP Lokal 200.0.2.0/24
*Kebutuhan perlantai :
# 11 PC untuk Accountung Staff
# 3 PC untuk Ruang Server
# 7 PC untuk IT Staff
# 28 PC untuk Operatinal Staff
# 30 PC untuk CS Staff
1. RANCANGLAH NETWORK SKEMANYA
2. SUBNET SESUAI KEBUTUHAN, TULISKAN SUBNET DALAM TABEL
1. Skema Jaringan
skemajaringan
2. Subnet sesuai kebutuhan, tuliskan subnet dalam tabel
IP : 200.0.1.0/24
Tersedia alamat IP : 254
Jumlah alamat IP yang dibutuhkan : 3
Tersedia alamat IP dalam subnet dialokasikan : 6
Screenshot_448
IP : 200.0.2.0/24
Tersedia alamat IP dalam jaringan utama : 254
Jumlah alamat IP yang dibutuhkan : 76
Tersedia alamat IP dalam subnet dialokasikan : 88
Screenshot_449
PENGETESAN – VLSM (VARIABLE LENGTH SUBNETMASK)
Latihan Subnetting, VLSM
tracer
Network address : 200.200.200.0/16
Ada 5 network yang dibuat yaitu :
Screenshot_450
Jaringan yang dibuat menggunakan 3 Router yaitu Router 0, Router 1 dan Router 2. Dihubungkan masing-masing dengan menggunakan connection DCE (clockrate 9600).
Tentukan Subnetting IP ini menggunakan metode VLSM :
IP :200.200.0.0/16
Alamat IP pada jaringan utama : 65534
Jumlah alamat IP yang dibutuhkan : 76
Tersedia alamat IP dalam subnet dialokasikan : 142
Screenshot_451
Big Family Hypnotist & Hypnotherapy

Friday, November 21, 2014

V-class Jaringan Komputer Lanjut (Broadband, SONET, ATM, DSL)




SOAL :
  1. Apa yang di maksud dengna komunikasi broadband
  2. Sebutkan keuntungan SONET !
  3. Jelaskan prinsip kerja dari ATM !
  4. Apakah yang dimaksud dengan DSL?

JAWABAN :

1. Komunikasi broadband adalah suatu layanan telekomunikasi data (jaringan nirkabel) yang memiliki bandwidth besar dan kecepatan tinggi. Menggunakan DSL, Modem Kabel, Ethernet, Wireless Access, Fiber Optik, W-LAN, V-SAT, dan lain sebagainya. Beberapa contoh teknologi broadband adalah SONET, ATM (Asynchronous Transfer Mode), xDSL, VPN, dsb.

          Definisi Broadband menurut beberapa sumber antara lain :
  • Menurut wikipedia broadband adalah merupakan sebuah istilah dalam internet yang merupakan koneksi internet transmisi data kecepatan tinggi. Ada dua jenis jalur lebar yang umum, yaitu DSL dan kabel modem, yang mampu mentransfer 512 kbps atau lebih, kira-kira 9 kali lebih cepat dari modem yang menggunakan kabel telepon standar.
  • Menurut rekomendasi ITU No. I.113, “Komunikasi broadband didefinisikan sebagai komunikasi dengan kecepatan transmisi 1,5 Mbps hingga 2,0 Mbps.”. 
  • Menurut FCC di amerika, “ komunikasi broadband adalah suatu komunikasi yang memiliki kecepatan simetri (up-stream dan down-stream) minimal 200 kbps.

2.  SONET (Synchronous Optical Network) adalah standar komunikasi digital untuk sistem transmisi yang dapat meningkatkan kapasitas bandwidth pada kabel serat optik tanpa perlu melakukan penambahan kabel optik. Kehandalan lalu lintas pada SONET akan selalu terjaga pada topologi ring yang menggunakan wavelenght division multiplexing (WDM).

Keuntungan SONET adalah dapat memberikan fungsionalitas yang bagus, untuk jaringan kecil, medium, maupun besar.
  • Collector rings menyediakan interface (tampilan antarmuka)  ke seluruh aplikasi, termasuk local office, PABX, access multiplexer, BTS, dan terminal ATM.
  • Manejemen bandwith berfungsi untuk proses routing, dan manajemen trafik lalu lintas jaringan.
  • Jaringan backbone berfungsi menyediakan konektifitas untuk jaringan jarak jauh.


3.  ATM (Asynchronous Transfer Mode) merupakan sebuah protokol jaringan yang mentransmisikan data paket pada kecepatan 155 Mbps atau lebih. ATM mendukung variasi media seperti video, CD-audio, dan gambar. Dengan menggunakan Kabel fiber optic ataupun kabel twisted pair, ATM bekerja pada model topologi Star yang umumnya digunakan untuk menghubungkan dua atau lebih jaringan Local Area Network (LAN) dan Internet Service Providers (ISP) untuk meningkatkan kecepatan akses Internet.

Prinsip kerja dari ATM


  • ATM telah direkomendasikan oleh CCITT sebagai mode transfer untuk B-ISDN.
  • Pada ATM, informasi dikirim dalam blok data dengan panjang tetap yang disebut sel. Sel merupakan unit dari switching dan transmisi.
  • Untuk mendukung layanan dengan rate yang beragam, maka pada selang waktu tertentu dapat dikirimkan sel dengan jumlah sesuai dengan rate-nya.
  • Sebuah sel terdiri atas information field yang berisi informasi pemakai dan sebuah header.
  • Informasi field dikirim dengan transparan oleh jaringan ATM dan tak ada proses yang dikenakan padanya oleh jaringan.
  • Urutan sel dijaga oleh jaringan, dan sel diterima dengan urutan yang sama seperti pada waktu kirim.
  • Header berisi label yang melambangkan informasi jaringan seperti addressing dan routing.
  • Dikatakan merupakan kombinasi dari konsep circuit dan packet switching, karena ATM memakai konsep connection oriented dan mengggunakan konsep paket berupa sel.
  • Setiap hubungan mempunyai kapasitas transfer (bandwidth) yang ditentukan sesuai dengan permintaan pemakai, asalkan kapasitas atau resource-nya tersedia.
  • Dengan resource yang sama, jaringan mampu atau dapat membawa beban yang lebih banyak karena jaringan mempunyai kemampuan statistical multiplexing.  
4.  DSL (Digital Subcriber Line) adalah teknologi akses yang menggunakan saluran kabel tembaga eksisting untuk layanan broadband.

Teknologi DSL disebut juga xDSL. Yang termasuk dalam teknologi DSL / xDLS antara lain:


  • High-bit-rate Digital Subscriber Line (HDSL), covered in this article
  • Symmetric Digital Subscriber Line (SDSL), a standardised version of HDSL
  • Asymmetric Digital Subscriber Line (ADSL), a version of DSL with a slower upload Seed
  • Rate-Adaptive Digital Subscriber Line (RADSL)
  • Very-high-bit-rate Digital Subscriber Line (VDSL)
  • Very-high-bit-rate Digital Subscriber Line 2 (VDSL2), an improved version of VDSL
  • G. Symmetric High-speed Digital Subscriber Line (G.SHDSL), a standardised replacement for early proprietary SDSL by the International Telecommunication Union Telecommunication Standardization Sector
xDSL mampu membawa informasi suara dan data (termasuk gambar/video) , untuk data dengan kecepatan bervariasi (32Kbps s/d 8 Mbps). Karena menggunakan kabel telepon, maka xDSL menyediakan bandwidth frekwensi secara dedicated (no-share bandwidth). xDSL mempunyai Bite Rate yang tinggi (asymetric dan symetric). xDSL menggunakan aplikasi Mode IP dan ATM. xDSL mudah instalasi dan langsung dapat dipakai.

Big Family Hypnotist & Hypnotherapy
Sumber :

Thursday, November 13, 2014

TUGAS SOFTSKILL 2 : BIOINFORMATIKA (Definisi, Sejarah, Bidang Terkait, Penerapan,dan Penyajaran Sekuens)




DEFINISI

Bioinformatika (bahasa Inggris : bioinformatics) adalah ilmu yang mempelajari atau penerapan tehnik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penarapoan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis. penyejajaran sekuens ( sequence alignment ), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

SEJARAH

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-anuntuk mengacu padapenerapan komputerdalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika(seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritmauntuk analisis sekuens biologis) sudahdilakukan sejak tahun 1960-an. Kemajuan teknik biologi molekulardalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat(sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuensbiologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikatdan Jerman(pada European Molecular Biology Laboratory , Laboratorium Biologi Molekular Eropa).Penemuan teknik sekuensingDNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasanterjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadisalah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akanpengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.


BIDANG YANG TERKAIT BIOINFORMATIKA

1. Biophysics
Merupakan sebuah bidang interdisiplier yang mengaplikasikan teknik-teknik dari ilmu fisika untuk memahami struktur dan ilmu biologi. Ilmu ini terkait dengan bioinformatika karena untuk mengenal teknik-teknik dari ilmu fisika untuk memahami struktur tersebut membutuhkan penggunaan TI.

2.  Computational Biology
Bidang ini merupakan bagian dari bioinformatika yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari Computational Biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel. Pada penerapan bidang ini model-model statistika untuk fenomena biologi lebih di pakai dibandingkan dengan model sebenarnya.

3. Medical Informatics
Merupakan sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian, dan manajemen informasi medis. Disiplin ilmu ini, berkaitan dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”, dimana sebagian besar bioinformatika lebih memperhatikan informasi dari sistem dan struktur biomolekul dan seluler.

4. Proteomics
Pertama kali digunakan utnuk menggambarkan himpunan dari protein-protein yang tersusun oleh genom. Mengkarakterisasi banyaknya puluhan ribu protein yang dinyatakan dalam sebuah tipe sel yang diberikan pada waktu tertentu melibatkan tempat penyimpanan dan perbandingan dari data yang memiliki jumlah yang sangat besar, tak terhindarkan lagi akan memerlukan bioinformatika.

5. Genomics
Adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingakna seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih.

PENERAPAN UTAMA BIOINFORMATIKA

Basis data sekuens biologis

Basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Basis data utama untuk asam nukleat adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ (Jepang). Ketiga basis data tersebut bekerjasama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keleluasaan cakupan masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.Contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt yang didanai terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.PDB (Protein Data Bank) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural 3D protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental dengan kristalografi sinar X, spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron. PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat 3D yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein maupun asam nukleat.

Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran


1.      Bioinformatika dalam bidang klinis
Perananan Bioinformatika dalam bidang klinis ini sering juga disebut sebagai informatika klinis (clinical informatics). Aplikasi dari clinical informatics ini adalah berbentuk manajemen data-data klinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan oleh Clement J. 

2.      Bioinformatika untuk penemuan obat
Penemuan obat yang efektif adalah penemuan senyawa yang berinteraksi dengan asam amino yang berperan untuk aktivitas (active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut. Karena itu analisa struktur dan fungsi enzim ini biasanya difokuskan pada analisa asam amino yang berperan untuk aktivitas (active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut.. Dengan adanya Bioinformatika, data-data protein yang sudah dianalisa bebas diakses oleh siapapun, baik data sekuen asam amino-nya seperti yang ada di SWISS-PROT (http://www.ebi.ac.uk/swissprot/) maupun struktur 3D-nya yang tersedia di Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/). Dengan database yang tersedia ini, enzim yang baru ditemukan bisa dibandingkan sekuen asam amino-nya, sehingga bisa diperkirakan asam amino yang berperan untuk active site dan kestabilan enzim tersebut. Hasil perkiraan kemudian diuji di laboratorium. Dengan demikian, akan lebih menghemat waktu dari pada analisa secara random.

Bioinformatika dalam  Sistem Informasi Geografi (SIG)


1.  SIG adalah Pengintegrasian data sistem informasi geografi (SIG) seperti peta, sistem cuaca, dengan hasil kesehatan dan data genotipe, akan membantu kita untuk memprediksi hasil sukses dari penelitian agrikultural.Dengan adanya bioinformatika yang sudah menjalar pada beberapa bidang membuat kita lebih dimudahkan dalam menyelesaikan masalah.  Ini membuktikan bahwa setiap waktunya teknologi berkembang sangat pesat dan kita sangat membutuhkannya untuk mempermudah hidup. Tentu diharapkan kemajuan ini tidak hanya berhenti sampai disini, melainkan ada inovasi-inovasi baru  dalam bioinformatika yang dapat dibuat dibidang lain.


PENYAJARAN SEKUENS

Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda “–”) sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda, “ccatcaac” dan “caatgggcaac” (tanda “|” menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens) (Krane, D.E., dan M.L. Raymer. 2003)

Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda “–”) diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Sequence alignment memberikanhipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama “ccatgggcaac”. Dalam kaitannya dengan hal ini, alignment juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein, yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut (Krane, D.E., dan M.L. Raymer. 2003). Selain itu, sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. BLAST adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data  sekuens. BLAST menggunakan algoritma heuristik dalam penyusunanalignme (Mount, D.W. 2001). 


Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode “Needleman-Wunsch” dan “Smith-Waterman”. Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignmentglobal di antara dua atau lebih sekuens, yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment lokal, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming) dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment) (Mount, D.W. 2001). Clustal adalah program bioinformatika untuk alignment multipel (multiple alignment), yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX. (Mount, D.W. 2001). Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode yang berhubungan dengan Hidden Markov Model (“Model Markov Tersembunyi”, HMM). HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). Selain digunakan untuk alignment, HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis sekuens lainnya, seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein (Mount, D.W. 2001)
Big Family Hypnotist & Hypnotherapy


Sumber :
1. Definisi Bioinformatika
2. Sejarah Bioinformatika
3. Bidang yang Terkait Bioinformatika
4. Penerapan Bioinformatika
5. Penyajaran Sekuens