TUGAS SOFTSKILL 2 : BIOINFORMATIKA (Definisi, Sejarah, Bidang Terkait, Penerapan,dan Penyajaran Sekuens)

DEFINISI

Bioinformatika (bahasa Inggris : bioinformatics) adalah ilmu yang mempelajari atau penerapan tehnik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penarapoan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis. penyejajaran sekuens ( sequence alignment ), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

SEJARAH

Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-anuntuk mengacu padapenerapan komputerdalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika(seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritmauntuk analisis sekuens biologis) sudahdilakukan sejak tahun 1960-an. Kemajuan teknik biologi molekulardalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat(sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuensbiologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikatdan Jerman(pada European Molecular Biology Laboratory , Laboratorium Biologi Molekular Eropa).Penemuan teknik sekuensingDNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasanterjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadisalah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akanpengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

BIDANG YANG TERKAIT BIOINFORMATIKA

1. Biophysics

Merupakan sebuah bidang interdisiplier yang mengaplikasikan teknik-teknik dari ilmu fisika untuk memahami struktur dan ilmu biologi. Ilmu ini terkait dengan bioinformatika karena untuk mengenal teknik-teknik dari ilmu fisika untuk memahami struktur tersebut membutuhkan penggunaan TI.

2.  Computational Biology

Bidang ini merupakan bagian dari bioinformatika yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari Computational Biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel. Pada penerapan bidang ini model-model statistika untuk fenomena biologi lebih di pakai dibandingkan dengan model sebenarnya.

3. Medical Informatics

Merupakan sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian, dan manajemen informasi medis. Disiplin ilmu ini, berkaitan dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”, dimana sebagian besar bioinformatika lebih memperhatikan informasi dari sistem dan struktur biomolekul dan seluler.

4. Proteomics

Pertama kali digunakan utnuk menggambarkan himpunan dari protein-protein yang tersusun oleh genom. Mengkarakterisasi banyaknya puluhan ribu protein yang dinyatakan dalam sebuah tipe sel yang diberikan pada waktu tertentu melibatkan tempat penyimpanan dan perbandingan dari data yang memiliki jumlah yang sangat besar, tak terhindarkan lagi akan memerlukan bioinformatika.

5. Genomics

Adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingakna seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih.

PENERAPAN UTAMA BIOINFORMATIKA

Basis data sekuens biologis

Basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat. Basis data utama untuk asam nukleat adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ (Jepang). Ketiga basis data tersebut bekerjasama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keleluasaan cakupan masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.Contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt yang didanai terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.PDB (Protein Data Bank) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural 3D protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental dengan kristalografi sinar X, spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron. PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat 3D yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein maupun asam nukleat.

Bioinformatika dalam Dunia Kedokteran

1.      Bioinformatika dalam bidang klinis

Perananan Bioinformatika dalam bidang klinis ini sering juga disebut sebagai informatika klinis (clinical informatics). Aplikasi dari clinical informatics ini adalah berbentuk manajemen data-data klinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan oleh Clement J. 

2.      Bioinformatika untuk penemuan obat

Penemuan obat yang efektif adalah penemuan senyawa yang berinteraksi dengan asam amino yang berperan untuk aktivitas (active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut. Karena itu analisa struktur dan fungsi enzim ini biasanya difokuskan pada analisa asam amino yang berperan untuk aktivitas (active site) dan untuk kestabilan enzim tersebut.. Dengan adanya Bioinformatika, data-data protein yang sudah dianalisa bebas diakses oleh siapapun, baik data sekuen asam amino-nya seperti yang ada di SWISS-PROT (http://www.ebi.ac.uk/swissprot/) maupun struktur 3D-nya yang tersedia di Protein Data Bank (PDB) (http://www.rcsb.org/pdb/). Dengan database yang tersedia ini, enzim yang baru ditemukan bisa dibandingkan sekuen asam amino-nya, sehingga bisa diperkirakan asam amino yang berperan untuk active site dan kestabilan enzim tersebut. Hasil perkiraan kemudian diuji di laboratorium. Dengan demikian, akan lebih menghemat waktu dari pada analisa secara random.

Bioinformatika dalam  Sistem Informasi Geografi (SIG)

1.  SIG adalah Pengintegrasian data sistem informasi geografi (SIG) seperti peta, sistem cuaca, dengan hasil kesehatan dan data genotipe, akan membantu kita untuk memprediksi hasil sukses dari penelitian agrikultural.Dengan adanya bioinformatika yang sudah menjalar pada beberapa bidang membuat kita lebih dimudahkan dalam menyelesaikan masalah.  Ini membuktikan bahwa setiap waktunya teknologi berkembang sangat pesat dan kita sangat membutuhkannya untuk mempermudah hidup. Tentu diharapkan kemajuan ini tidak hanya berhenti sampai disini, melainkan ada inovasi-inovasi baru  dalam bioinformatika yang dapat dibuat dibidang lain.

PENYAJARAN SEKUENS

Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence alignment atau alignment saja. Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan (umumnya dengan tanda “–”) sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Berikut adalah contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda, “ccatcaac” dan “caatgggcaac” (tanda “|” menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua sekuens) (Krane, D.E., dan M.L. Raymer. 2003)

Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama (common ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda “–”) diasosiasikan dengan proses insersi atau delesi. Sequence alignment memberikanhipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama “ccatgggcaac”. Dalam kaitannya dengan hal ini, alignment juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein, yang menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi protein tersebut (Krane, D.E., dan M.L. Raymer. 2003). Selain itu, sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang mirip atau sama dalam basis data sekuens. BLAST adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data  sekuens. BLAST menggunakan algoritma heuristik dalam penyusunanalignme (Mount, D.W. 2001). 

Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah metode “Needleman-Wunsch” dan “Smith-Waterman”. Metode Needleman-Wunsch digunakan untuk menyusun alignmentglobal di antara dua atau lebih sekuens, yaitu alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. Metode Smith-Waterman menghasilkan alignment lokal, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens. Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming) dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment) (Mount, D.W. 2001). Clustal adalah program bioinformatika untuk alignment multipel (multiple alignment), yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus. Dua varian utama Clustal adalah ClustalW dan ClustalX. (Mount, D.W. 2001). Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode yang berhubungan dengan Hidden Markov Model (“Model Markov Tersembunyi”, HMM). HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). Selain digunakan untuk alignment, HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis sekuens lainnya, seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi struktur sekunder protein (Mount, D.W. 2001)

Big Family Hypnotist & Hypnotherapy

Sumber :
1. Definisi Bioinformatika
2. Sejarah Bioinformatika
3. Bidang yang Terkait Bioinformatika
4. Penerapan Bioinformatika
5. Penyajaran Sekuens